此刻，西安的顺军大部都增援潼关，李过部被围在榆林，再也无力抵挡南下的阿济格部。
在清军的两路夹击之下，李自成知道关中的陷落已成定局，若是再继续死守潼关等到阿济格兵临西安城下自西夹攻，等待大顺军的唯有覆灭一途。
无奈之下，李自成被迫带着主力撤回西安，只留下巫山伯马世耀带着七千士兵在潼关阻挡多铎。
以七千士兵独挡数万强敌，马世耀根本无力抵挡，遂假作投降却暗中向李自成送信，请李自成回师潼关内外夹攻击败清军。
谁知道派出的信使被伏路清军俘获，第二天，多铎以打猎为名，在潼关西南十里的金盆口设下埋伏，然后谎称举行宴会，把马世耀部下的马匹器械全部解除，一声号令，埋伏的清军突然冲出，把马世耀和他部下七千余名大顺军将士全部屠杀。大顺军击败清军最后的希望就此破灭。
阿济格大军南下，潼关失守，守住关中无望的李自成决定放弃西安，取道蓝天、商洛向南阳转移，和留在荆襄一带的大顺军白旺部会和。
正月十三日，李自成命令权将军、泽侯田见秀殿后。随行的有汝侯刘宗敏、、磁侯刘芳亮、绵侯袁宗第、义侯张鼐等大将，以及牛金星、军师宋献策等大顺高官，还有包括皇后高氏在内的眷属，兵员约为十三万。
当然这部分并非大顺军在陕西的全部军队，此刻李过高一功在榆林还有数万人，而汉中宁夏、甘肃、西宁还分别有数路顺军来不及撤退。在另一个时空，李过等部顺军选择了西上甘肃会合党守素等甘肃西宁的军队，然后取道汉中南下四川，一路顺江而下到达荆州一带，直到李自成死后才在湖广和随李自成东下的大顺军余部会合，后被南明朝廷改编为忠贞营。
李自成仓促撤退纯属无奈之举，他没有选择西进和以上数路顺军汇合，因为西北甘肃西宁一带都是荒凉之地，即使到了那些地方也没有发展潜力。而经武关南下，到达湖广，却是大明的富裕之所，李自成打算以荆襄为根基，南下可攻略湖广全境，顺江东下可以攻打南京江南大明腹心之地。
为了迟滞清军的追击，李自成下令殿后的泽侯田见秀烧掉西安来不及携带的粮食和库存物资，把整个西安城烧个精光。可关键时候，田见秀犯了妇人之仁，认为与其烧掉了粮食，不如留给百姓们度过饥荒，烧了西安城更会使得大量的百姓无处可住流离失所。便只烧掉了东门城楼和南门城楼。
田见秀的妇人之仁使得清兵在西安得到了大量物质补给，得以从容休整。而事实上经历了数月的行军作战，清军也已经疲惫不堪。多铎部率先攻占了西安，很快阿济格也带着北路清军与他会合，两军便留在西安休整，并向满清朝廷请示接下来该如何动作。
满清摄政王多尔衮代表满清朝廷传来旨意，先是斥责了阿济格因迂道至蒙古鄂尔多斯部落索取马匹，耽误了时间才没能把李自成留在关中，命令把西安的清军一分为二，阿济格带领一半清军南下追赶，将流寇余孽务期剿除，以赎从前逗遛之咎。多铎则带着另一半清军出潼关经开封归德府向南攻打大明南京朝廷。
连续的胜利，使得满清上下狂妄无比，自认为整个天下再也没有对手，不管是逃往内乡南阳的顺军还是扬州南京的明军，都抵不住一路清军的攻击。剿灭顺军，灭掉大明，一统天下在此一举！
而此刻，但从数量上来说，大顺军的兵力依然远在清兵之上。李自成从西安带着十三万大军走蓝天出武关到达南阳府内乡县，而荆襄四府的白旺郝摇旗还有顺军数万，而聚集在西安的清兵总兵力也就八九万人，还一分为二，追赶李自成的阿济格部总兵力也就四万多。
不过清兵都是真正的八旗精锐，吴三桂尚可喜孔有德耿仲明部汉军旗战力也是超绝，战斗力不是屡遭失败的大顺军能比。
在西安休整了一段时间之后，阿济格带军向南追击。
而李自成军队数量虽然远在清军之上，可是大败之后士气低落，撤退时又拖家带口，行动迟缓。正月十三日出发，二十九日才到了内乡，并在此停留修整了很长时间。直到阿济格部清军追赶上来，才于三月十八日拔营南下湖广。
而顺军的内部就南下路线来说有过激烈的争执，按照李自成的计划，大顺军应该直奔南京，占据大明的东南财富之地。由于顾君恩的竭力劝住，才决定南下襄阳承天，和白旺部会合，毕竟顺军在荆襄四府已经经营了很长时间。
从崇祯十八年的三月到四月，顺军在邓州、承天府、德安府一带和清兵连续交战，却屡战屡败，荆襄四府根本守不住，李自成便只能试图率军渡过长江，向长江以南转移，遂和盘踞在武昌的左良玉军接触并发生了战斗。
在阿济格率军南下追剿大顺军的同时，多铎带领另一半的八旗主力约四万多人，于二月十四日出潼关，经洛阳东进至归德府，三月初九，攻陷归德横扫河南大半地区，河南诸州县皆为其收降。大顺军将领刘忠，明河南总兵许定国等部纷纷投降。
而西北乃至河南河北山东一带，原本投降了大顺的明朝降官降将，纷纷拜表改投了清廷，比如大顺宁夏节度使陈之龙、投降大顺的原明朝总兵牛成虎，以及白广恩、姜瓖、唐通、黎玉田、马科等，满清平添了十数万降军改编为绿营，用以镇守各地，从而抽调出八旗主力用以南下攻打顺军和大明。
多铎军到达归德府，再往南就是南直各府，也就是平南侯陈越的辖地。早在多铎清军出潼关向东之时，在归德的刘能就探出了清军的情报，急急的把情报送往扬州南京。
得到清兵大举南下的消息，南京朝廷大振，急下令江北总督陈越整斥防线，务必把清军挡在淮河以北。同时命令左良玉部死守武昌，守住长江上游，挡住闯贼南进东下之路，逼迫闯军和清兵死战，好坐收渔翁之利。
对现在的大明来说，等于受到清军和顺军的两路夹攻。这两路大军哪一路都是大明的死敌，哪一路也都不好惹都曾屡次击败过明军。
形势如此危急，刚刚偏安南京一年时间的崇祯朝廷陷入一片恐慌之中。